Προτεραιότητα της Εφορείας αποτέλεσε η τακτοποίηση, ταξινόμηση και εξασφάλιση των κατάλληλων συνθηκών φύλαξης των ευρημάτων που βρίσκονται στις αρχαιολογικές αποθήκες. Στο πλαίσιο αυτό πραγματοποιήθηκε, τον Μάιο του 2016, στις αποθήκες του Κεραμεικού το διεθνές πρόγραμμα RE-ORG. Η μεθοδολογία περί ορθής αποθήκευσης αρχαιολογικού υλικού, μετά την επιτυχημένη της εκεί εφαρμογή, εφαρμόζεται συστηματικά σε όλους τους αποθηκευτικούς χώρους της ΕΦΑΑθ. Παράλληλα, αποθηκεύτηκε υποδειγματικά το σύνολο του αρχαιολογικού υλικού (4650 αντ.) των αποθηκών της Ακρόπολης, ενώ οι ευπαθείς ομάδες τοποθετήθηκαν σε νέα ειδικά ερμάρια με ελεγχόμενες συνθήκες. Όλα τα αντικείμενα καταχωρήθηκαν σε βάση δεδομένων (έχουν καταγραφεί ως σήμερα 5515 αντ.), στην οποία εκτός των άλλων στοιχείων, περιγράφεται αναλυτικά η κατάσταση διατήρησής τους. Επίσης συσκευάστηκε το σύνολο των ευρημάτων της Ν. Κλιτύος, και της Πλάκας, το οποίο φυλασσόταν στην αποθήκη του Παλαιού Μουσείου Ακροπόλεως και στην αποθήκη της οδού Θρασύλλου αντίστοιχα και μεταφέρθηκε στο νέο χώρο της αποθήκης του οικοπέδου Μακρυγιάννη, με στόχο τη φύλαξη σε καλύτερες συνθήκες. Εκτεταμένες βελτιώσεις έγιναν στα συστήματα διασφάλισης των αρχαιοτήτων στις αποθήκες της οδού Μελιδόνη με την κατασκευή βάσεων στήριξης μεγάλων αγγείων.